NDS a jej projektant v príprave podcenili význam podrobného preskúmania geológie, chýbal tiež záujem o hľadanie efektívnejších a menej nákladných riešení. Stavbu tak zbytočne predražil a počas realizácie výrazne skomplikoval tunel Žilina (malé nadložie, extrémne zlá geológia), ktorému sa dalo úplne vyhnúť prijateľným zdvihnutím nivelety diaľnice.

Projekt nebol hodnotený v rámci prioritizácie z dôvodu obmedzení metodiky (aglomerácie veľkých miest - potrebné posúdiť multimodálne). Má byť vypracovaná štúdia uskutočniteľnosti a CBA podľa aktuálne platnej metodiky, a to najneskôr pred začiatkom finančne náročných fáz prípravy. V závislosti od výsledkov budú takéto projekty po zverejnení štúdie a jej hodnotení zaradené do realizácie.

Pôvodný projekt NDS obsahuje napr. zbytočne dlhé mosty či neoptimálne (drahé) riešenie vetrania tunela Višňové. V roku 2012 súťaž na zhotoviteľa metódou "naprojektuj a postav" umožnila uchádzačom pôvodné riešenie výrazne zefektívniť. Uchádzač, ktorý v tendri predložil najnižšiu ponuku (Skanska + Strabag), túto možnosť využil a ponúkol výrazné zefektívnenie technického riešenia. Žiaľ, NDS na podnet druhého Doprastavu túto ponuku bez primeraného dôvodu vylúčila. Toto rozhodnutie v roku 2014 odobril aj Úrad pre verejné obstarávanie, vtedy v réžii nominantov Smeru-SD. Následne NDS prijala až tretiu ponuku v poradí od združenia Impregilo a Dúhy, ktoré žiadnu optimalizáciu technického riešenia tunelov či mostov neprinieslo. Nasledovali roky zlého riadenia stavby, snahy zhotoviteľa o výrazné dodatočné zvýšenie ceny, v roku 2019 pre štát nevýhodná dohoda o ukončení zmluvy a v roku 2020 nový výber zhotoviteľa. Vzhľadom na stav rozostavanosti však väčšina optimalizácií, ponúknutých v roku 2012, už nebude možná. Náklady citeľne zdvihne aj potreba sanácie rozostavaného tunela a mostov.